Neben der organisierten und der offenen Jugendarbeit ist im AZ Ephata auch die kirchliche Jugendarbeit ein wichtiges Anliegen.  Der Soziale Treffpunkt gibt allen Weltanschauungen und Kulturen Raum und Unterstützung, geeignete Angebote für alle Altersstufen zu schaffen. Traditionell ist hierzulande natürlich der Bereich der christlichen Jugendpastoral am stärksten ausgeprägt. Doch auch andere Gruppen und Gemeinschaften waren und sind im Haus willkommen: sei es die Ecole Arabe der musilimischen Vereinigung ACESE, die Versammlungen der internationalen Vereinigung Vaynakh oder die Jugendgruppe der Ahmadiyya Muslim Gemeinde in Eupen.

Auf lokaler Ebene gibt es neben den verschiedenen Formen der Katechese (u.a. Firmkatechese, Spurengruppen, Familienmessen) auch die Feierabendbier- oder Jugendpastoralgruppe, ein Treffen der Leiterinnen und Leiter der Jugendgruppen in der Gemeinde Eupen, die gemeinsame Themen und Veranstaltungen besprechen und organisieren.

Auf regionaler Ebene gibt es seit 2011 die AG Jugend des Seelsorgerates für die deutschsprachigen Dekanate, der den Glauben für junge Menschen in der Deutschsprachigen Gemeinschaft konkret erfahrbar machen möchten.  Unter den Mitgliedern sind Priester, Jugendseelsorger, Pfarrassistenten, Religionslehrer, Jugendleiter, Firmkatecheten, Vertreter von Pfarrverbänden und andere Aktive aus kirchlichen Gruppen. Ein besonderes Highlight ist die ca. alle fünf Jahre stattfindende Ministrantenwallfahrt nach Rom, eine Veranstaltung der Ministrantenpastoral. Kurz vor Weihnachten erreicht seit nunmehr 20 Jahren das Friedenslicht aus Bethlehem unser Land; Eupen ist von Anfang an der Ort der nationalen Verteilungsfeier, die in Zusammenarbeit mit den Pfadfinderverbänden organisiert wird.

Auf diözesaner Ebene besteht es eine enge Zusammenarbeit mit dem SDJ (Service Diocésain des Jeunes bzw. Jugenddienst des Bistums Lüttich), auf interdiözesaner Ebene gibt es Kontakte mit der LPJ (Liaison des Pastorales des Jeunes) für die Wallonische Region und auf euregionaler Ebene ist das AZ Ephata bereits seit 20 Jahren ein Partner in der Euregio-Jugendpastoral, die Vertreter der Bistümer Lüttich, Luxemburg, Metz, Namur, Trier, Troyes und Verdun zusammenführt.